アメリカ合衆国大統領暗殺阻止から数年後の2025年11月4日、15時42分。 幻想郷・霧の湖で「国境なき軍隊 (MSF; Militaires Sans Frontieres)」 を率いていた天外隼人は、 ある日、妖怪の山にいる烏天狗の訪問を受ける。 彼女は、常設軍を有していないはずの幻想の森で最近武装集団を見かけるようになったと話す。そして、幻想の森の平和を守るために、 その武装集団を追い出してほしいと隼人に依頼する。依頼を拒否する隼人に、「国は動けない」とガルベスは食い下がった。 そして彼女は、今回の依頼が政府からではなく一人の少女からのものであることを打ち明ける。 犬走椛というその少女は、彼女の部下で、以前行方不明の友人を探しに武装集団の施設に侵入したところを捕まり、暴行を受けたことがあると話す。 しかし、あくまで断ろうとする隼人に、彼女は最後にこう言葉を添えた。 「あなたを、ビッグ・ボスと知っての頼みだ」 5時間後、追い討ちをかけるように彼女は1本のカセットテープを差し出す。それには椛の友人が武装集団に囚われていた際に録音したある音声が入っていた。 既に死んだはずのザ・ボスの声だった。 ザ・ボスが幻想郷で生きているかもしれないというその情報に隼人は悩む。罠かもしれないと思いつつも真相を確かめるため、隼人は依頼を受ける。 隼人は幻想の森の資材搬入施設に潜入し、謎の武装集団の手によって核が持ち込まれていることを突き止める。隼人は核兵器を巡る陰謀を止めるため、 幻想の森の奥地へと進んで行く。